Das verwendete Betriebssystem hat großen Einfluss darauf, wie hoch die Wahrscheinlichkeit einer Virusinfektion ist oder wie hoch die Wahrscheinlichkeit für eine systemweite Infektion ist. Grundsätzlich sind alle Betriebssysteme anfällig, die einem Programm erlauben, eine andere Datei zu manipulieren. Ob Sicherheitssysteme wie beispielsweise Benutzerrechtesysteme vorhanden sind und verwendet werden, beeinflusst, inwieweit sich ein Virus auf einem System ausbreiten kann.
Betriebssysteme ohne jegliche Rechtesysteme wie etwa MS-DOS, auf MS-DOS basierende Microsoft Windows- oder Amiga-Systeme sind die anfälligsten Systeme. Wenn der Benutzer ausschließlich als Administrator arbeitet und somit das Rechtesystem des Betriebssystems nicht eingreifen kann, sind jedoch auch neuere Microsoft Windows NT-, Unix- und Unix-ähnliche Systeme wie Linux und Mac OS X genauso anfällig.
Besonders bei Windows NT und darauf basierenden Systemen wie Windows 2000 oder XP besteht das Problem, dass zwar ein gutes Benutzerrechtesystem vorhanden ist, dieses aber in der Standardeinstellung nicht verwendet wird, um die Rechte des Anwenders einzuschränken. Ein Grund dafür ist, dass nach der Installation von einigen Windows-Versionen die automatisch eingerichteten Benutzerkonten Administratorenrechte besitzen. Anders jedoch ab Windows Vista, wo die Einrichtung eines Standardkontos nicht die vollen Administratorrechte hat und mit Hilfe der Benutzerkontensteuerung (UAC) wird zudem das System geschützt. Die meisten Linux-Distributionen richten bei der Installation ein Nutzerkonto ohne administrative Rechte ein, so dass beim normalen Benutzen des Computers zunächst nur beschränkte Rechte zur Verfügung stehen und nur der spezielle Root-Account Administratorenrechte besitzt.
Wenn ein Anwender mit einem Benutzerkonto mit eingeschränkten Rechten arbeitet, kann ein Virus sich nur auf Dateien verbreiten, für die der Benutzer die entsprechenden Rechte zur Veränderung besitzt. Dieses bedeutet normalerweise, dass Systemdateien vom Virus nicht infiziert werden können, solange der Administrator oder mit Administratorrechten versehene Systemdienste nicht Dateien des infizierten Benutzers aufrufen. Eventuell auf dem gleichen System arbeitende Benutzer können meist ebenfalls nicht infiziert werden, so lange sie nicht eine infizierte Datei des infizierten Benutzers ausführen oder die Rechte des infizierten Benutzers es erlauben, die Dateien von anderen Benutzern zu verändern.
Da Windows-Systeme heute die weiteste Verbreitung auf PCs haben, sind sie derzeit das Hauptziel von Virenautoren. Die Tatsache, dass sehr viele Windows-Anwender mit Konten arbeiten, die Administratorrechte haben, sowie die Unkenntnis von Sicherheitspraktiken bei der relativ hohen Zahl unerfahrener Privatanwender macht Windows-Systeme noch lohnender als Ziel von Virenautoren.
Während für Windows-Systeme über hunderttausende Viren bekannt sind, liegt die Zahl der bekannten Viren für Linux und das klassische Mac OS deutlich niedriger. In „freier Wildbahn“ werden allerdings weitaus weniger verschiedene Viren beobachtet, als theoretisch bekannt sind. Das erste Virus für Apples Mac-OS-X-Betriebssystem wurde am 13. Februar 2006 im Forum einer US-amerikanischen Gerüchteseite veröffentlicht. Bis dahin galt das Betriebssystem der Macintosh-Computer als gänzlich von Viren und Würmern unbelastet. Der Hersteller von Windows-Antivirenprogrammen Sophos stellt in seinem Security Report 2006 öffentlich fest, dass Mac OS X sicherer sei als Windows.
Bei Unix- und Linux-Systemen sorgen ebenfalls die hohen Sicherheitsstandards und die geringe Verbreitung dieser Systeme bei Endanwendern dafür, dass sie für Virenautoren momentan kein lohnendes Ziel darstellen und Viren „in freier Wildbahn“ praktisch nicht vorkommen. Anders sieht es bei Computerwürmern aus. Unix- bzw. Linux-Systeme sind wegen der hohen Marktanteile bei Internet-Servern mittlerweile ein häufiges Ziel von Wurmautoren.
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